降低田间湿度是预防大豆根腐病的关键，雨后及时排除田间积水可以减轻危害。对已发生大豆根腐病的田块，可以在发病初期用25%甲霜灵可湿性粉剂800倍液，或58%锰锌·甲霜灵可湿性粉剂600倍液，或64%恶霜·锰锌可湿性粉剂900倍液灌根，7-10天一次，连续防治2-3次。及时喷施叶面肥、植物生长调节剂或2%宁南霉素水剂可以增强植株抗病性，促进病株新根发生，增强植株再生能力，缓解病情。