采收 当金针菇长到15～16厘米长，菌盖内卷呈半球形、直径1～1.5厘米时，即可采摘。一手按住瓶、袋口或菇床，一手轻轻握住菇，从培养基质上拔下，基部切除干净，放在适合的容器里。瓶栽产量100～180克／瓶。

　　分级 金针菇采收后即进行分级，分级标准如下：

　　一级菇：菌柄长15厘米、菌盖直径约在1厘米以下、内卷、白色（或菇体2／3白色、1／3淡黄色），圆整、无畸形菇、无腐烂变质、无病虫害。

　　二级菇：菌柄长13厘米、菌盖直径约在1.5厘米以下，菌盖内卷、菇体白色（或菇体1／2白色、1／2为淡黄色或金黄色）、圆整、无畸形菇、无病虫害、无腐烂变质的。

　　三级菇：菌柄长短于6厘米或长于20厘米，菌盖直径不超过2.5厘米，菇体金黄色或淡咖啡色，并且无畸形、无病虫害、无腐烂变质。

　　保鲜与加工 金针菇的保鲜可采用抽真空后低温（4℃）保藏，时间为25～30天。另外，也可制成清水罐头、烤成干品和进行盐渍加工。